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[AHOI2006]基因匹配
阅读量:5357 次
发布时间:2019-06-15

本文共 2007 字,大约阅读时间需要 6 分钟。

题目描述

卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。

卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。

为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。

卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。

[任务] 编写一个程序:

  • 从输入文件中读入两个等长的DNA序列;
  • 计算它们的最大匹配;
  • 向输出文件打印你得到的结果。

输入输出格式

输入格式:

输入文件中第一行有一个整数N,表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基,以后将它们编号为1…N的整数。

以下还有两行,每行描述一个DNA序列:包含5N个1…N的整数,且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。

输出格式:

输出文件中只有一个整数,即两个DNA序列的最大匹配数目。

输入输出样例

输入样例#1:
21 1 1 1 1 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 1 1
输出样例#1:
8 显然有$O(n^2)$的DP $f[i][j]$表示A串到i,B串到j的最长公共子序列 $f[i][j]=max(f[i-1][j],f[i][j-1],[a[i]==b[j]]*(f[i-1][j-1]+1))$ 显然有很多多余状态,我们要尽可能利用条件,只考虑相同的碱基 在令$f[i]$为以i为右端点的B串中最长的公共子序列 枚举A来更新 假设$pos$为所有与a[i]相同的b[pos] 那么有f[pos]=max(f[0~pos-1])+1 用树状数组维护区间最大值
1 #include
2 #include
3 #include
4 #include
5 #include
6 using namespace std; 7 int f[100001],c[100001],n,pos[100001],pre[100001],a[100001],b[100001],ans; 8 void add(int x,int v) 9 {10 while (x<=n)11 {12 c[x]=max(c[x],v);13 x+=(x&(-x));14 }15 }16 int query(int x)17 {18 int s=0;19 while (x)20 {21 s=max(s,c[x]);22 x-=(x&(-x));23 }24 return s;25 }26 int main()27 {
int i,j;28 cin>>n;29 n=5*n;30 for (i=1;i<=n;i++)31 {32 scanf("%d",&a[i]);33 }34 for (i=1;i<=n;i++)35 {36 scanf("%d",&b[i]);37 }38 for (i=1;i<=n;i++)39 {40 pre[i]=pos[b[i]];41 pos[b[i]]=i;42 }43 for (i=1;i<=n;i++)44 {45 for (j=pos[a[i]];j;j=pre[j])46 {47 f[j]=max(f[j],query(j-1)+1);48 ans=max(ans,f[j]);49 add(j,f[j]);50 }51 }52 cout<

 

转载于:https://www.cnblogs.com/Y-E-T-I/p/8733720.html

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